Vào năm 615 hoặc trước đó, Lý Tử Thông gia nhập vào quân nổi dậy của thủ lĩnh Tả Tài Tương (左才相) ở Trường Bạch Sơn (長白山, nay thuộc Tân Châu, Sơn Đông. Khi đó, các thủ lĩnh nổi dậy thường có xu hướng tàn nhẫn, song Lý Tử Thông lại được đánh giá là ân cần và khoan dung, do đó có nhiều người theo ông. Trong vòng nửa năm, ông đã tập hợp được một vạn người. Do Tả Tài Tương bắt đầu đố kỵ và nghi ngờ Lý Tử Thông, Lý Tử Thông đã đem quân rời đi vào năm 615, tiến về phía nam và vượt qua Hoài Hà để hợp quân với Đỗ Phục Uy- một thủ lĩnh nổi dậy khác. Sau đó, Lý Tử Thông cho phục kích nhằm giết chết Đỗ Phục Uy, song Đỗ Phục Uy chỉ bị thương. Lý Tử Thông tiếp theo chiến bại dưới tay tướng Tùy là Lai Chỉnh (來整), ông phải chạy trốn đến Hải Lăng (海陵, nay thuộc Thái Châu, Giang Tô), tập hợp được hai vạn lính và xưng là tướng quân.